La contaminación del Río Santiago estuvo implicada en la muerte de 941 personas en un periodo de diez años y muchas más presentan enfermedades relacionadas con las aguas negras.
La administración de Aristóteles Sandoval no se involucró en el tema que afecta a pobladores de El Salto, Juanacatlán y Mezcala donde es común que jóvenes, así como niños presenten problemas renales y en la piel.
En 2008, un niño cayó al Río Santiago, bebió agua del mismo, lo que le provocó la muerte pues se intoxicó con arsénico, en ese entonces, los habitantes pidieron plantas de tratamiento para evitar más muertes.
Actualmente grupos ambientalistas como el Comité de Defensa Ambiental del Salto y el Foro Socioambiental evidencian la falta de interés de Aristóteles Sandoval por sanear las aguas.